Η σύγχρονη πόλη των Χανίων είναι ιδρυμένη στη θέση μίας σημαντικής αρχαίας κρητικής πόλης, της Κυδωνίας ή ku-do-ni-ja των πινακίδων της Γραμμικής Β΄ γραφής. Η παράδοση αναφέρει ότι ήταν μία από τρεις πόλεις που ίδρυσε ο βασιλιάς Μίνως στην Κρήτη.
Ο οικισμός που ανασκάπτεται μέσα στην πόλη των Χανίων, με κέντρο του το λόφο Καστέλλι, είναι ο σημαντικότερος του νομού. Μεγάλα σπίτια με καλοχτισμένα δωμάτια, φροντισμένα δάπεδα με κυκλικά κοιλώματα - εστίες, τοίχοι επιχρισμένοι με βαθύ κόκκινο κονίαμα, κανονικά θυρώματα και κεραμικά προϊόντα εξαιρετικής ποιότητας δείχνουν ότι πρόκειται για ένα σπουδαίο πρωτομινωικό κέντρο. Στον αρχαιολογικό χώρο του Καστελλίου, που αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα μνημεία της προϊστορικής περιόδου στην Κρήτη, γίνονται από το 1966 μέχρι και σήμερα σωστικές και συστηματικές ανασκαφές από την ΚΕ' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Μερικά από τα σημαντικότερα ευρήματα της ανασκαφής εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.
