Ξεκίνησε να χτίζεται επί Ενετοκρατίας, αλλά οι εργασίες διακόπηκαν λόγω της εισβολής των Τούρκων. Η ολοκλήρωση του ναού πραγματοποιήθηκε μετά από πολλά χρόνια και με ειδική άδεια που παραχώρησαν οι Τούρκοι.
Εξωτερικά μοιάζει με ενετικό φρούριο και έχει πύργους στις τέσσερις γωνίες του με πολεμίστρες, από τους οποίους όμως σήμερα σώζονται μόνο οι δύο. Έχει διαστάσεις 40 x 50 μέτρα και διαθέτει 50 κελιά σε δύο ορόφους. Η εκκλησία των Εισοδίων της Θεοτόκου ή Κυρίας των Αγγέλων είναι παραλληλόγραμμη με θόλο και διαθέτει κίονες και γλυπτό διάκοσμο που θυμίζει Ιταλική τεχνική.
Υπάρχουν δύο παρεκκλήσια των Αγίων Δέκα και του Αγίου Ιωάννη του Ξένου, που είναι αφιερωμένο στον 80 251ιδρυτή της Μονής. Μέσα στο χώρο της Μονής λειτουργεί ένα πολύ μικρό μουσείο, που φιλοξενεί έργα εκκλησιαστικής τέχνης και άλλα πολύτιμα κειμήλια.
Η Μονή Γουβερνέτου, βρίσκεται στη χερσόνησο Ακρωτήρι, 19 χιλιόμετρα βόρεια από τα Χανιά και 4 χλμ από την Μονή Αγίας Τριάδας. Η διαδρομή που πρέπει να ακολουθήσουν οι επισκέπτες από την πόλη των Χανίων είναι προς το αεροδρόμιο, ακολουθώντας πινακίδες για την Μονή Αγίας Τριάδας.
